Mégatron apparaît dans les films sortis en 2007, 2009 et 2011. Dans cette version, le personnage est réadapté comme tous les autres. Son aspect a été modifié pour lui donner un look plus extraterrestre, le faisant apparaître biomécanique. Le mode de pistolet original n'a pas non plus été retenu : selon les scénaristes, le changement de taille n'était pas assez réaliste (et selon certains parce que cela aurait été grotesque dans un film). À la place, Mégatron se transforme ici en jet cybertronien (plus tard aussi en tank), n'ayant pas eu l'occasion de scanner un véhicule terrien. Cependant, plusieurs ressemblances avec la version de Génération 1 sont visibles : il est de la même couleur argentée et peut transformer sa main en canon, voire combiner ses deux bras en un seul puissant canon. On a pu aussi le voir utiliser un fléau au bout d'une chaîne de son avant-bras. Optimus et lui se réfèrent également l'un à l'autre comme étant "frères", bien qu'il ne soit pas clairement établi ce que signifie ce mot. Comme dans Génération 1, il n'aime visiblement pas son second Starscream, partiellement dans le premier film et plus encore dans le second.

Dans le premier film Mégatron est tué grâce au cube que Sam introduit dans sa poitrine. Optimus voulais le détruire en se sacrifiant et en l'introduisant dans sa propre poitrine car arme trop dangereuse dans les mains des decepticons... L'energie du cube à donc consommé le spark de Mégatron. L'armée américaine à ensuite plongé son corps dans la fosse des Mariannes.

Dans le Second opus, Ravage, le Doctor Scalpel et 4 autres décepticons plongent avec un fragement du cube (capable de generer une quantitié d'energon suffisante pour le ramener à la vie ) pour réparer Megatron et faire revivre l'étincelle de son Spark. Il retournera ensuite vers Saturne pour retrouver StarScream et le Fallen. A la fin du film il sera àmoché par un Optimus plus fort que jamais (amélioré grace à JetFire) et s'enfuira dans un desert africain avec StarScream.

Dans le troisième, Mégatron ne s'est pas totalement remis de son altercation avec Optimus. Il est sérieusement abimé à tel point que de petit cyber-parasite viennent pour lui grignoter ses circuit cérébraux.

Il parctisera avec Sentinel Prime afin de faire venir Cybertron sur la Terre. Sentinel étant le seul à pouvoir activer les pilliers (capables de refassoner l'Univers).

Il mourra des suites d'une ultime bataille avec Optimus Prime, qui lui enfoncera sa hache energon pour lui aracher la tete et le spark de son corps.